La Asamblea es el órgano soberano de Cegasal: reúne a los Centros Especiales de Empleo de Iniciativa Social asociados y es la que adopta las decisiones fundamentales y estratégicas. Se encarga de aprobar las cuentas, elegir y fiscalizar la Junta Directiva, marcar las líneas de trabajo de la entidad y resolver cuestiones estructurales, garantizando la participación democrática de todos los CEEIS.